Nama Pakunden berasal dari kata KUNDI, diambil dari kata NGUNDI yang berarti membuat perkakas atau peralatan dari bahan tanah liat/tembikar. Pada jaman dahulu masyarakat di wilayah ini banyak yang bekerja sebagai pembuat dan penjual perkakas rumah tangga dari bahan tanah liat berkualitas tinggi dan memiliki area pemasaran sampai ke luar kota.
Kelurahan Pakunden berada dalam naungan wilayah Kecamatan Pesantren Kota Kediri. Posisi Kelurahan Pakunden diapit oleh 4 Kelurahan yang seluruhnya juga berada dalam wilayah Kecamatan Pesantren yaitu antara lain :
- Kelurahan Singonegaran di sebelah Utara
- Kelurahan Tosaren di sebelah Selatan
- Kelurahan Tinalan di sebelah Timur
- Kelurahan Singonegaran di sebelah Barat
Wilayah Kelurahan Pakunden yang digunakan oleh masyarakat adalah seluas 81 hektareterdiri dari 42 ha untuk pemukiman, 25 ha untuk persawahan, 10 ha untuk perkebunan dan 1 ha untuk prasarana lainnya. Tanah yang digunakan untuk fasilitas umum terdiri dari 32 ha untuk tanah kas kelurahan, sawah kelurahan 25 ha, lapangan olah raga 2 ha, ruang publik/taman kota 3 ha, bangunan sekolah/perguruan tinggi 1 ha dan stet/aliran listrik tegangan tinggi seluas 10 ha.